海口海关的前身是成立于1876年的琼州海关（简称“琼海关”）。第二次鸦片战争后，海口港作为对外通商口岸首先向英、俄、法、美以及欧洲各国开放。清光绪年间，琼州海关在海口正式成立，高级职务由洋人担任。新中国成立后，成立了中华人民共和国海口海关。
